Groups

Group 1

Topic : Efficient multiple genome alignment. (Approved)

Source : Proceedings of the 10th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, in:

Bioinformatics, 18 (Supplement 1) : 312-320, 2002

Link : http://www.techfak.uni-bielefeld.de/techfak/persons/enno/PAPERS/ISMB02.ps.gz

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group1.ppt

Time : 1/2 1:30pm at NTU

Members :

                    電機博一    薛孟倫
                    資工博二    張嘉文         (p90009@linux5.csie.ntu.edu.tw)
                    電機碩一    葉彌妍
                    電機碩一    黃仁暐
                    資工碩二    邱樺聲
                    資工碩二    彭沁璘
                    資工碩一    莊乃玉

　

Group 2

Topic : An algorithm for finding signals of unknown length in DNA sequences. (Approved)

Source : (2001) Bioinformatics, Jun;17 Suppl 1:S207-14

Link : http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/reprint/17/suppl_1/S207.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group2.ppt

Time : 12/23(一) pm 2:00 at NTU CSIE 539

Members :

                 資管碩二蘇仁楨
                 資管碩二林琬純 (組長)      (r90014@im.ntu.edu.tw)
                 資管碩二李立雅
                 資管碩二陳麒安
                 資管碩二施曉雯
                 資管碩二高茂原
　

Group 3

Topic : Multiple sequence alignment using partial order graphs. (Approved)

Source : Bioinformatics, Vol. 18, pp. 452-464

Link : http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/reprint/18/3/452.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group3.ppt

Time : Jan 8 pm 1:30

Members :

                資工碩一     鐘文欽
                資工碩一     張仕賢
                電機碩一     王ㄙ以            (r91921027@ntu.edu.tw)
                資工大四     黃義欽
                資工博三     吳世通
                資工碩一     鄭又方

Group 4

Topic : Algorithms for Finding Gene Clusters, Steffen Heber and Jens Stoye. (Approved)

Source     : In Proceedings of the Algorithms in Bioinformatics
                  First International Workshop, WABI 2001, Aarhus, Denmark, August 28-31, 2001,
                  LNCS 2149, p. 252 ff.

Link : http://link.springer.de/link/service/series/0558/papers/2149/21490252.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group4.ppt

Time : Jan 7, 2003 10:00 am at NTU CSIE Rm309

Members :

                電機所碩一董星甫              (r91921090@ntu.edu.tw)
                資工所碩一官順暉
                資工所碩二郭秉鈞
                資工系大二袁維均
                資工系大二李根逸

　

Group 5

Topic : A New Algorithm for Protein Folding in the HP Model. (Approved)

Source : SODA 2002

Link : http://www.stanford.edu/class/cs374/Papers/p05-5.ps

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group5.ppt

Time : 1/2 10AM at Sinica Rm731

Members :

                資管博一呂育恩         (eric@jane.im.ntu.edu.tw)
                資管碩二干志豪         (stamen@mail2000.com.tw)
                資管碩二方建吉吉
                資管碩一王教昌
                資管碩一林章汶
                資管大四林宜均
　

Group 6

Topic : Simplifying amino acid alphabets by means of a branch and bound algorithm. (Approved)

Link : http://bioinformatics.oupjournals.org/cgi/reprint/18/8/1102.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group6.ppt

Time : 12/31 3:30 pm 在資訊系 311 (confirmed)

Members :

                資工碩二    李耘天          (steven@speech.ee.ntu.edu.tw)
                資工碩二    廖碩鵬
                資工碩二    陳品仁
                資工碩二    李務誠
                資工碩二    余定穎

電信博四蔡明怡
　

Group 7
　

Topic : Picking Alignments From (Steiner) Trees. (Approved)

Source : ACM RECOMB 2002

Link : http://portal.acm.org/citation.cfm?id=565228&coll=GUIDE&dl=GUIDE&CFID=6108398&CFTOKEN=82491409#

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group7.ppt

Time : 01/03下午四點 at Sinica Rm731

Members :

              資管碩二    郭至鈞
              資管碩二    陳柏安
              資管碩二    李岱陽
              資管碩二    武良銘
              資管碩二    鄭安巽
              資管碩二    陳佳宏
              資管碩二    蔡澤銘                 (r90056@im.ntu.edu.tw)

Group 8
　

Topic : PatternHunter : Faster and more sensitive homology search by Bin Ma, John Tromp and Ming Li. (Approved)

Source : Bioinformatics, 18:3(2002), 440-445

Link : http://w ww.cs.ucsb.edu/~mli/ph.ps

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group8.ppt

Time : Dec 25 after our class at NTU 101

Members :

            資工碩一    鄭昆宜
            資工大四    陳揚和
            資工大四   楊一軒
            資工大四    楊少華              (sean-yang2000@yahoo.com.tw)
            資工大四   王盛禾
            資工大四    周亦志
            資工大四   黃建賓
            資工大四   許棠為
　

Group 9
　

Topic : Pattern Matching and Pattern Discovery Algorithms for Protein. (Approved)

Source : "From Gene Trees to Species Trees", by B. Ma, M. Li, and L. Zhang,
SIAM Journal on Computing, 30(3):729-752, 2000.

Link : http://epubs.siam.org/sam-bin/dbq/article/34336

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group9.ppt

Time : 1/5 3:30 pm at NTU CSIE Rm309

Members :

            資工碩一     林容任
            資管碩一     黃翊展                      (r91725036@ntu.edu.tw)
            資管碩一    黃鈞塘
            資管碩一   嚴正
            資管碩一    李柏奇

　

Group 10

Topic : A Method for Detecting Positive Selection at Single Amino Acid Sites (Approved)

Source : Molecular Biology and Evolution, Vol 16, 1315-1328

Link : http://www.molbiolevol.org/cgi/content/abstract/16/10/1315?maxtoshow=&HITS=10&hits=10&RESULTFORMAT=&titleabstract=A+Method+for+Detecting+Positive+Selection+at+Single+Amino+Acid+Sites&searchid=1040620829997_353&stored_search=&FIRSTINDEX=0&journalcode=molbiolevol

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group10.ppt

Time : 一月八日（星期三）下午 3:30 pm

Members:

            醫工碩一    林書鴻                     (r91548014@ntu.edu.tw)
            醫工博一    蔡昆男
            資工大四    林宗茂
            醫工碩一    楊宗勳
            醫工碩一    卓世基
　

Group 11

Topic : Fast Detection of Common Geometric Substructure in Proteins. (Approved)

Source : Journal of Computational Biology, Vol 6, No. 3, pp. 313-325, 1999.

Link : http://www.cs.cornell.edu/~dph/papers%5Crecomb99-match.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group11.ppt

Time : Jan 7 pm 1:30 at NTU CSIE Rm309

Members :

            資管碩二    王敏銓             (r90017@im.ntu.edu.tw)
            資管碩二    張哲銘
            資管碩二    陳重江
            資管碩二    王佳竣
            資管碩二    黃義焜

資管碩二張緒遠
資管碩一詹群毅
　

Group 12
　

Topic : Space-Economical Algorithms for Finding Maximal Unique Matches,

by Wing-Kai Hon, Kunihiko Sadakane. (Approved)

Source : Proc. of Combinatorial Pattern Matching, 2002, page 144-152.

Link : http://link.springer.de/link/service/series/0558/papers/2373/23730144.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group12.ppt

Time : 16:00, 20 Dec (Fri) 2002 at Sinica Rm731

Members :

                資工博一       陳宜元
                電機博三       楊得年
                資工碩二       張中平         (r89033@csie.ntu.edu.tw)
                電機碩二       曾建華
                資工碩一       游家牧
                資工碩一       何經懋

　

Group 13
　

Topic : Finding a maximum compatible tree for a bounded number of trees with bounded degree
is solvable in polynomial time. (Approved)

Source : 1st Workshop on Algorithms in BioInformatics, 2001.

Link : http://www.cs.utexas.edu/users/phylo/papers/maxcomp.pdf

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group13.ppt

Time : 2pm of Dec 22, 2002 at NTU 電機館 502

Members :

電機博四廖建智 (henry@cobra.ee.ntu.edu.tw)
電機大四陳明揚

                  電機碩一    彭孟池
                  電機碩一    陳姿樺
                  電機碩一    許華祐
                  電機碩一    柯信豪
                  電機碩一    康師誠
                  電機博一    林春成

　

Group 14
　

Topic : String Barcoding: Uncovering Optimal Virus Signatures by Sam Rash, Dan Gusfield. (Approved)

Source : RECOMB 2002, April 2002

Link : http://wwwcsif.cs.ucdavis.edu/~gusfield/recbarcode.pdf

Slides :

Time : 1/5 (Sunday) 1:30 pm at NTU CSIE Rm309

Members :

                資工碩一    黃添旺              r91033@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    陳奕伶              b88x007@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    林明鴻              b88043@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    陳奕瑋              b88052@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    蔡旭程              b88053@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    吳光哲              b88062@csie.ntu.edu.tw
                資工大四    江盈宏              b88063@csie.ntu.edu.tw
　

Group 15
　

Topic : Finding Maximal Quasiperiodicities in Strings. (Approved)

Source : Technical Report RS-99-25, BRICS, September 1999.

Link : http://www.birc.dk/Publications/Articles/Brodal_2000b.html

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group15.ppt

Time : 12/19(四)-下午五點 at Sinica Rm731

Members :

資管大三林祝平 b89705047@lucky.im.ntu.edu.tw

                 資管大三     林紀廷         b89705034@lucky.im.ntu.edu.tw
                 資管大四     程世嘉         b88705016@lucky.im.ntu.edu.tw
                 資管碩一     蔡明憲         r91725014@lucky.im.ntu.edu.tw
                 資管碩一     陳俊璋         r91725020@lucky.im.ntu.edu.tw
                 資管碩一     羅文興         r91725034@lucky.im.ntu.edu.tw
                 資管碩一     張均合         r91725026@lucky.im.ntu.edu.tw

　

Group 16

Topic : A 2-approximation algorithm for genome rearrangements by reversals and transpositions", by Gu, Peng, and Sudborough.

Source : Theoretical Computer Science 210 (1999) 327-339.
　

Link :

Slides :

Time : Sunday 2pm (Jan 12) at Sinica Rm817.

Members :

                    資工碩二    陳禹昕         (r90054@csie.ntu.edu.tw)
                    資工碩二    宋俊昇
                    資工碩二    沈怡瑄
                    資工博一    林清池
                    資工博三    林添進

Group 17

Topic : Approximate String Matching: A simpler faster algorithm. (Approved)

Source : SIAM Journal on Computing Volume 31, Number 6 pp. 1761-1782
　

Link : http://epubs.siam.org/sam-bin/dbq/article/37052

Slides : http://www.iis.sinica.edu.tw/~hil/bioinfo/group17.ppt

Time : 2003/01/03 10:30AM at Sinica Rm731

Members :

資工碩二魏仲祐
資工博二陳建佳