研究主題包含生物資訊和生物問題的探討。我目前的研究工作，主要是發展生物資訊的工具和方法論，不只是用來服務廣大的生物學家，同時也提供我們自己去研究重要的生物問題。經由和生物學家共同合作，可讓我們瞭解哪些是生物界重要的問題和哪些生物資訊的工具是目前所急需的。

        在生物資訊工具的開發，在2006 和2007 我們已經發展兩個視覺化的工具（SinicView 和Phylo-mLogo ），提供比較基因體學和流感病毒演化等相關研究使用。因為PhylomLogo可以協助使用者比較和分析大數量序列間單點突變 在不同的子集間的差異，這個工具已經成為在台灣疾病管制局的專家，用來檢驗WHO 所推薦的流感疫苗株在台灣及世界各地流行的病毒株是否有差異，對於下一個流感流行季節的流行病毒群是否會繼續有效等問題。

        在研究生物問題方面，我主要有興趣的課題不只在分子演化相關問題，包含流感病毒的演化和植物粒腺體和葉綠素演化問題，而且也在功能基因學和基因體學方面，這部分包含：microRNA 和其目標基因的預測、大尺度小型RNA定序分析和生質能等。特別是在流感病毒演化的問題，我們提出新的方法，分析許多的H3N2 HA1 序列，找出很多且取代時間非常短的氨基酸取代。我們分析的結論說明：正向天擇的影響是一直持續不斷的，而非分散的；在抗原位點的正向多重突變的累積增強抗原的飄移顯示，抗原的變化並不像來其他文獻提到是間斷式的變化。我們已經將研究成果發表在2007年的美國國家科學院期刊。