由來自台灣的中央研究院資訊科學研究所許鈞南實驗室，與陽明大學生物資訊研究所鍾翊方實驗室研究生共同組成的研究團隊，2007年在西班牙馬德里舉行的第二屆BioCreative分子生物文獻探勘評比挑戰中大放異彩。他們以兩種不同的方法，擊敗了來自美國賓州大學（去年的冠軍團隊），國家生物科技資訊中心(NCBI)，英國劍橋大學，荷蘭、西班牙、德國、韓國、中國等世界名校的研究團隊，囊括了世界第二名與第三名。雖然第一名由美國IBM T.J. Watson研究中心獲得，但是大會表示，前三名方法的差距，在統計誤差範圍內，因此前三名的方法可以並列為最佳成績；另外，在調整抽樣偏離後，中研院─ 陽明團隊所發表的第一種方法，就由原來的第二名躍居為世界第一。
中研院─陽明團隊所參加的評比項目，是由大量的生物醫學論文中，以電腦系統自動擷取其中的基因與基因產物（如蛋白質）的名稱。這樣的系統除了有助於生物醫學研究者搜尋相關的論文，也可以讓電腦由論文中大量擷取特定的分子生物現象（如蛋白質交互作用，生物反應路徑等），可以節省實際操作實驗驗證所需的大量人力物力與時間。因此各國均投入大量資源進行研發。這項評比的挑戰性在於基因名稱在論文中沒有統一的命名方式，而且容易與其他生物醫學名詞混淆。中研院─陽明團隊使用機器學習演算法，由一萬五千句標注好的訓練樣本，歸納出準確的統計模型。同時，許鈞南實驗室在提升機器學習演算法的效能還有許多重要的成果，將在近期內發表。
這項研究，是由國科會基因體醫學國家型計畫中的「陽明─中研院進階生物資訊核心設施」所資助。因此歡迎全國各大生物醫學實驗室進行合作，以擴大成果效益。
詳細請參閱：http://aiia.iis.sinica.edu.tw/biocreative2.htm
