Page 13 - 2017 Brochure
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而複雜的實驗步驟，讓許多研究單位望之卻步。為了減少這種嘗試、錯誤的實驗 研究人員
方法，我們發展了一套全自動的程式，將生物化學的種種限制因素考慮進來，預測
出最佳的合成序列。此外，我們在代謝體質譜資料分析上，發展定性與定量的計算 施純傑 Arthur Chun-Chieh Shih
方法，並完成定量工具，目前在開發定性軟體。
Research Fellow
台灣癌症登月計畫：台灣於 2016 年八月受美國癌症研究所之邀，加入國際癌症登
月計畫；其中一重要目標是進行癌症的蛋白基因體表徵分析。我們針對早發及早期 宋定懿 Ting-Yi Sung
的肺癌進行研究，目前已知應和一些蛋白質的變異有關。但從質譜大數據可靠地鑑
定變異胜肽相當困難；我們目前正為此設計演算法。我們也發展工具，幫助研究者 Research Fellow
選擇合適的水解酶分解蛋白質，以利產生合適長度的胜肽，質譜產生較好的訊號，
而較有機會偵測變異胜肽。此計畫採用 TMT 10-plex 標記進行定量實驗，我們發展 何建明 Jan-Ming Ho
中的新版 Multi-Q 2 軟體，將用來定量分析。我們已展開肺癌病人檢體的質譜實驗數
據分析，依美國癌症研究所的品管要求，每組病人資料必須鑑定出 1 萬個蛋白質， Research Fellow
我們已能達到此要求。同時，我們亦將針對這些質譜大數據進行變異胜肽的鑑定。
林仲彥 Chung-Yen Lin
與國內外的合作單位：生物資訊研究是跨領域研究，我們研究合作夥伴包含本院的
農生中心、生物多樣性中心、化學所、統計所、分子生物研究所、細胞生物與個體 Associate Research Fellow
生物研究所、植微所、和生醫所等，及院外的國衛院、台灣大學（醫學院、藥理所、
病理研究所、生科院、漁科所和農業化學系）、台大醫院、成功大學生命科學院、 許聞廉 Wen-Lian Hsu
海洋大學水產養殖系和水產試驗所等。另外與國外的學術單位也有密切的合作計畫
進行，包含美國密西根州立大學植物生物學研究所、加州大學洛杉磯分校醫學院、 Distinguished Research Fellow
日本大阪大學蛋白質研究所和日本產業技術總合研究所等。
蔡懷寬 Huai-Kuang Tsai
Research Fellow
博士後研究
林信男 Hsin-Nam Lin
張育榮 Yu-Jung Chang
陳淑華 Shu-Hwa Chen
陳鯨太 Ching-Tai Chen
黃佳欣 Jia-Hsin Huang
蔡郁偉 Yu-Wei Tsay
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方法，我們發展了一套全自動的程式，將生物化學的種種限制因素考慮進來，預測
出最佳的合成序列。此外，我們在代謝體質譜資料分析上，發展定性與定量的計算 施純傑 Arthur Chun-Chieh Shih
方法，並完成定量工具，目前在開發定性軟體。
Research Fellow
台灣癌症登月計畫：台灣於 2016 年八月受美國癌症研究所之邀，加入國際癌症登
月計畫；其中一重要目標是進行癌症的蛋白基因體表徵分析。我們針對早發及早期 宋定懿 Ting-Yi Sung
的肺癌進行研究，目前已知應和一些蛋白質的變異有關。但從質譜大數據可靠地鑑
定變異胜肽相當困難；我們目前正為此設計演算法。我們也發展工具，幫助研究者 Research Fellow
選擇合適的水解酶分解蛋白質，以利產生合適長度的胜肽，質譜產生較好的訊號，
而較有機會偵測變異胜肽。此計畫採用 TMT 10-plex 標記進行定量實驗，我們發展 何建明 Jan-Ming Ho
中的新版 Multi-Q 2 軟體，將用來定量分析。我們已展開肺癌病人檢體的質譜實驗數
據分析，依美國癌症研究所的品管要求，每組病人資料必須鑑定出 1 萬個蛋白質， Research Fellow
我們已能達到此要求。同時，我們亦將針對這些質譜大數據進行變異胜肽的鑑定。
林仲彥 Chung-Yen Lin
與國內外的合作單位：生物資訊研究是跨領域研究，我們研究合作夥伴包含本院的
農生中心、生物多樣性中心、化學所、統計所、分子生物研究所、細胞生物與個體 Associate Research Fellow
生物研究所、植微所、和生醫所等，及院外的國衛院、台灣大學（醫學院、藥理所、
病理研究所、生科院、漁科所和農業化學系）、台大醫院、成功大學生命科學院、 許聞廉 Wen-Lian Hsu
海洋大學水產養殖系和水產試驗所等。另外與國外的學術單位也有密切的合作計畫
進行，包含美國密西根州立大學植物生物學研究所、加州大學洛杉磯分校醫學院、 Distinguished Research Fellow
日本大阪大學蛋白質研究所和日本產業技術總合研究所等。
蔡懷寬 Huai-Kuang Tsai
Research Fellow
博士後研究
林信男 Hsin-Nam Lin
張育榮 Yu-Jung Chang
陳淑華 Shu-Hwa Chen
陳鯨太 Ching-Tai Chen
黃佳欣 Jia-Hsin Huang
蔡郁偉 Yu-Wei Tsay
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